Theo Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai (Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) các địa phương thống kê thiệt hại do bão số 3 và mưa lũ đến 7 giờ ngày 13/9 đã có 336 người chết và mất tích (trong đó 233 người chết, 103 người mất tích); 823 người bị thương.
Các địa phương đã di dời 74.536 hộ với 130.246 người khỏi vùng nguy hiểm bởi mưa bão.
Bão số 3 và mưa lũ đã gây nhiều thiệt hại về nhà ở với 136.705 nhà bị hư hỏng (nhiều nhất là Quảng Ninh 70.629 nhà, Hải Phòng 40.005 nhà, Bắc Ninh 3.472 nhà, Lạng Sơn 2.990 nhà, Bắc Giang 3.289 nhà, Yên Bái 1.378 nhà…); 67.653 nhà bị ngập.
Nhiều cửa hàng, trụ sở, trường học bị tốc mái, hư hỏng; rất nhiều biển hiệu quảng cáo, cột viễn thông, trạm phát sóng di động bị gẫy đổ; cây xanh đô thị bị thiệt hại.
Sản xuất nông nghiệp cũng bị ảnh hưởng trên diện rộng: 202.094 ha lúa, 39.298 ha hoa màu bị ngập úng, thiệt hại; 22.288 ha cây ăn quả bị hư hại; 1.848 lồng bè nuôi trồng thủy sản bị hư hỏng, cuốn trôi; 4.594 con gia súc, 1.786.872 con gia cầm bị chết.
Theo Trung tâm Dự báo khí tượng thủy văn Quốc gia, lũ trên các sông có xu hướng giảm, biến đổi chậm. Vì vậy tình trạng ngập còn diễn ra nhiều ngày tại các vùng trũng, vùng thấp ven sông, bãi bồi ngoài đê chính. Trên các sườn dốc ở khu vực vùng núi Bắc Bộ dù mưa đã giảm vẫn tiềm ẩn nguy cơ xảy ra sạt lở đất.