Theo Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai (Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn), các địa phương thống kê thiệt hại đến 12 giờ 30 phút ngày 12/9, bão số 3 và mưa lũ do hoàn lưu bão khiến 327 người chết, mất tích (199 người chết, 128 người mất tích), 807 người bị thương.
Trong đó Lào Cai 177 người (82 người chết, 95 người mất tích); Cao Bằng 52 người (34 người chết, 18 người mất tích); Yên Bái 44 người (40 người chết, 4 người mất tích); Quảng Ninh 15 người chết; Hải Phòng 2 người chết do bão; Hải Dương 1 người chết do bão; Hà Nội 1 người chết do bão; Hòa Bình 7 người chết do sạt lở đất; Lạng Sơn 3 người chết do lũ cuốn, sạt lở đất; Bắc Giang 2 người chết do lũ cuốn; Tuyên Quang 5 người chết do lũ; Hà Giang 2 người (1 người chết, 1 người mất tích); Lai Châu 1 người chết do sạt lở đất; Vĩnh Phúc 2 người (1 chết, 1 người mất tích do lật thuyền); Phú Thọ 10 người (8 người mất tích tại sự cố sập cầu Phong Châu, 1 người mất tích do lũ, 1 người chết do sạt lở đất); Sơn La 1 người mất tích do lũ cuốn; Thái Nguyên 2 người chết do lũ.
Bão số 3 và mưa lũ đã làm 130.268 nhà hư hỏng (tăng 28.924 nhà); 57.857 nhà bị ngập.
Sản xuất nông nghiệp cũng bị ảnh hưởng nặng nề, với 195.929 ha lúa, 35.010 ha hoa màu bị ngập úng, thiệt hại; 22.237 ha cây ăn quả bị hư hại; 1.791 lồng bè nuôi trồng thủy sản bị hư hỏng, cuốn trôi (tập trung Quảng Ninh 1.000, Hải Dương 300,…) 2.502 con gia súc, 1.523.345 con gia cầm bị chết…
Thông tin từ Chi cục Quản lý đê điều tại các địa phương, đã xảy ra 70 sự cố đê điều trên địa bàn 11 tỉnh, thành phố gồm: Tuyên Quang, Thái Nguyên, Vĩnh Phúc, Phú Thọ, Bắc Ninh, Bắc Giang, Hải Dương, Hưng Yên, Hà Nội, Hà Nam và Nam Định.
Trưa 12/9, trên các tuyến quốc lộ và cao tốc khu vực phía Bắc hiện còn hơn 230 điểm bị tắc đường. Bộ Giao thông Vận tải đã chỉ đạo các đơn vị thực hiện công tác ứng trực, phối hợp với các lực lượng chức năng tổ chức phân luồng, hướng dẫn giao thông tại các vị trí nguy hiểm; đảm bảo thông đường trong thời gian sớm nhất.